Donada en 1251 por Fernando III a Don Pascual y levantada para responder a las inmediatas necesidades espirituales de la nueva población cristiana, es obra de maestros canteros castellano, alejados de las nuevas tendencias estilísticas, motivo por el que queda vinculada al románico castellano o al estilo tardorrománico.
En textos redactados por Pi y Margall en su viaje aBaeza en el siglo XIX, la describe con planta basilical, de tres naves separadas por altas columnas que descansan sobre sencillas ojivas, su abside seria de tipo escalonado. Las columnas, formadas por grandes tambores, son de fuste liso. Los capiteles, muestran los equinos en forma de cimacios bizantinos, con decoración simbólica vegetal y humana. En su exterior, el primer arco de la arco de la puerta queda claveteado y la imagen del santo titular en un ángulo.
La iglesia fue cerrada al culto en 1843, convirtiéndose durante la guerra en cochera y depósito de materiales de construcción. Lo que se conserva a día de hoy de ella, son restos de los dos ábsides con ventanas abocinadas de sillería y algunos lienzos de muro. Tras diversas excavaciones que han tenido lugar en el recinto, están apareciendo elementos que podrían permitirnos reconstruir su antiguo diseño.
Aunque alguno de sus elementos han sido movidos a diferentes espacios como el Salón de actos del Palacio de Jabalquinto y una de sus portadas fue adosada al muro occidental de la Iglesia de la Santa Cruz en la década de los 50.