Se encuentra situado en el interior de la Catedral de Baeza, está compuesto por tres salas en las que podemos ver una importante colección de objetos de lo más variados, en cuanto a material y factura.
En primer lugar, la sala capitular, en la que se custodían retablos, relieves y lienzos. Entre ellos un Calvario, que formaba parte del retablo de la desaparecida Iglesia del Espiritu Santo y perteneciente a la escuela de Juan de Juni. Se trata de tablas de buen tamaño en la que las imagenes muestran expresivos gestos de dolor. Deben ser mencionados también varios óleos con temas marianos; Inmaculada, Desponsorios, Visitación o Virgen con Niño. Así como temas bíblicos y hagiográficos.
En la siguiente sala, se muestran enseres eclesiásticos y piezas de valor religioso. Destacamos por un lado, los Libros Corales o cantorales. De los cuales seis con escenas miniadas, varios ejecutados en el siglo XVI, a esto sumamos, un Libro Pontificial y un Pasionario. Esta buena colección nos deja ver la esmerada organización musical de la Catedral desde el siglo XVI, con intervención de instrumentos y voces.
En la tercera sala y más pequeña en tamaño, custodía casullas, capas pluviales y vasos sagrados. Los más destacados son, la Custodia de plata sobredorada, un Calvario de alabastro y un relicario, fechados en el siglo XVII. También de esa mismo siglo, un Calvario de alabastro, se representa a Cristo muerto en brazos de la Virgen, quedaba situado a la derecha de la Capilla del Sagrario. El Relicario de plata dorada, se dice que fué traido por Don Cristobal Lechuga. En su interior conserva más de 500 reliquias. Por último, merecen ser mencionadas dos tablas que representan a San Pedro y San Pablo, ejecutadas por Antón Becerra, padre de Gaspar Becerra. Estirpe de pintores baezanos de cierto prestigio en su época. Ambas imágenes presentan cierto caracter gótico y que entronca con el plateresco. Formarian parte del antiguo retablo de la Sacristía.
Otras muchas piezas de valor se conservan en su interior, por lo que recomendamos al visitante que va a Baeza que disfrute de cada una de ellas.