Nació en 1542 en la localidad abulense de Fontiveros. Fue hijo de Gonzalo de Yepes, tejedor de profesión, y de Catalina Álvarez. Tenía dos hermanos mayores llamados Francisco y Luis. Desgraciadamente su padre murió cuando Juan tenía seis años y a los nueve años, se trasladó con su madre al abulense pueblo de Medina del Campo debido a una difícil situación en 1551.
Estas penurias hicieron de Juan un hombre de poca corpulencia, tanto que Santa Teresa de Jesús lo llamaba «mi medio fraile». Derivado del matrimonio del hermano mayor con Ana Izquierdo consiguió que se establecieran allí definitivamente. Juan, gracias a su condición de pobre de solemnidad, pudo asistir al Colegio de los Niños de la Doctrina, privilegio que le obligaba a realizar ciertas actuaciones a cambio, como asistir en el convento, la ayuda a Misa y a los Oficios o el acompañamiento de entierros.
La instrucción recibida en el colegio le sirvió para continuar su formación en el recién creado colegio de los jesuitas, facilitándole una buena base en Humanidades. Como alumno externo debía compaginar sus estudios con un trabajo en el Hospital de Nuestra Señora de la Concepción de Medina del Campo, especializado en la curación de enfermedades venéreas contagiosas.
En el año 1563 toma los hábitos de la orden Carmelita, adoptando el nombre de fray Juan de San Matías siendo en 1564 cuando se traslada a Salamanca para cursar estudios de teología en su gran Universidad. En el año 1567 es ordenado sacerdote, y adopta el nuevo y definitivo nombre de Juan de la Cruz. Fraguó una gran amistad con su ilustre paisana de Ávila, Teresa de Jesús integrándole en el movimiento de la reforma carmelita que ella había iniciado.
En 1568 Juan de la Cruz fundó el primer convento de Carmelitas Descalzos, cuyas máximas eran la práctica a ultranza de la contemplación y la austeridad. Unos años después, 1577, sus intentos de reforma de las órdenes monásticas, le llevaron a prisión durante 9 meses en un convento de Toledo, debido a una acusación. En este cautiverio en la cárcel-convento de Toledo ve la luz su obra cumbre: «Cántico espiritual». En otras poesías se puede llegar a entrever en lenguaje subliminal, el relato que hace de su astuta y sorprendente huida en la madrugada en agosto de 1578.
Para salir de la prisión toledana, contó con la ayuda de su paisana Teresa de Jesús, ante la duquesa de Alba. A su liberación se refugió en un convento de Jaén y continuó con la reforma carmelitana, fundando varios conventos por Andalucía. En esta región llegó a ser nombrado Vicario Provincial de la orden de Carmelitas Descalzos; pero el buen Juan siguió con su obstinación de la reforma, lo que le llevó a enfrentamientos con la jerarquía religiosa y a sufrir nueva prisión en el convento de la Peñuela, en plena Sierra Morena, en donde culminó la escritura de sus principales obras literarias.
Cuando por fin es excarcelado y se dispone a cumplir con el traslado que se le impone a América, el 14 de diciembre de 1591, muere a la edad de 49 años.135 años después, es elevado a la categoría de santo, por la iglesia católica.
Hoy en día puedes visitar el Museo de San Juan de la Cruz y conocer más sobre este apasionante personaje de Úbeda. Es gestionado por los Padres Carmelitas y recibe gran cantidad de visitas a lo largo del año. Un aliciente más para el turismo de la ciudad.